制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过过滤。
微生物检测方法有空气悬浮微生物法和沉降微生物法两种，采样后的基片（或平皿）经过恒温箱内３７℃、４８h的培养生成菌落后进行计数。使用的采样器皿和培养液必须进行处理。采样点可均匀布置或取代代表性地域布置。
所有的无尘车间测试基本上都是基于国际认可的标准（如ISO14644－1；IEST－RP－CC006．2；NEBB手册和已被终止的FS－209E）。这些标准和惯例对无尘车间的测试和认证提供了基本的指导。而事实上，无尘车间的业主和承建商因产品，工艺的要求而对无尘车间的技术指标，测试方式和验收标准有相对于上述标准不同的协议。
大多数的验收标准是由无尘车间的业主和承建商通过协商，并参考专业无尘车间测试认证公司的建议而达成的协议。由于独立的第三方测试认证公司通常能对于无尘车间的测试提出适合的方案，因此中建南方建议业主和承建商在开始讨论无尘车间的各种技术参数，测试方式和验收标准时就邀请测试认证公司参与。在对有关参数或标准产生分歧时，测试认证公司将以自己的专业知识在业主和承建商之间起到调解人的作用。