气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
隔热集装箱在20世纪70年代前曾经是国际上冷藏保鲜货物的主要运输工具之一，随着20世纪80年代之后机械式冷藏集装箱的大量使用，隔热集装箱已逐步被更为灵活的机械式冷藏集装箱所取代，但在某些具有稳定货源的航线上仍有使用。
机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不高于-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3d。