无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
规程
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
5.无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
6.需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。
7.工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
8.无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。
9.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。
10.每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
11.吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
12.接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧，待冷却后，方可接种培养物。
13.带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的桶内，24小时后取出冲洗。
14.凡带有活菌的物品，必须经后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
无菌室一个应用行业非常广泛的基础性配套产业，在电子信息、半导体、光电子、精密制造、医药卫生、生物工程、航天航空、汽车喷涂等众多行业均有应用，并根据行业的精密与无尘要求，等级差别也较大。
器材及场所的
微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法
1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理
2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰
3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时
4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行
5． 空气的： 开启紫外灯照射30—60分钟 即可。