微生物实验室净化工程良好的通风是关键，必要时更应配备抽风机。接种、分离及鉴定等操作应在生物柜中进行，对结核杆菌等传染性极强的微生物学检验时必须在100％外临床微生物学实验室接触多种有害微生物，为了防止交叉污染，保护工作人员健康，实验室应至少划分成3个区。
无菌室必须保持整洁。工作人员进入无菌室应换专用鞋、专用衣。无菌室使用前须用紫外线30min，操作结束后清洁台面，再用紫外线30min。定期用乳酸或甲醛熏蒸，彻底。
无菌室仅用于培养基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。操作人员操作时应严格关门，并戴好专用的口罩、帽子。
无菌室内应有空气过滤装置，并安装空调。
理送风口散尘
将送风口内壁粘贴铝箔胶带以减少风口内壁本身散尘。
粘贴好铝箔胶带后延风口边框检测尘埃粒子数。
通过对比处理前后的粒子计数器检测结果，可以很明显的确定大粒子超标的原因就是风口本身散尘所引起的。
处理后首次（未从新做清洁）检测结果均达到万级洁净度。