洁净室的流型基本上是上述三种类型，但是实际应用时可演变出很多形式。洁净室可以是单向流和非单向流组合在一起的混合流型，以在局部区域（单向流部分）实现高级别的洁净室。例如，在洁净室中设水平单向流的“隧道”（一侧敞开），洁净室的其余部分是涡流的单向流流型，从而实现“隧道”部分达到5级以上洁净度，工作台就设在“隧道内”。
对洁净室的送风必须是有很高洁净度的空气。因此，必须选用或亚过滤器（洁净级别低时）作为终端过滤器，对进入洁净室的空气，进行后一级过滤。为保护终端过滤器和延长其寿命，必须使空气先经中效过滤器进行过滤。
洁净工作台不宜布置在层流洁净室内。当布置在乱流洁净室时，宜将其置于工作区气流的上风侧，以提高室内的空气洁净度。
洁净室内有通风柜时，宜置于工作区气流的下风侧，以减少对室内的污染。
一般情况下，净化空调系统的能耗比一般空调系统的能耗大的多。其原因是两者之间的负荷特点不同。就洁净室，尤其是半导体工业洁净室而言，其负荷特点是：由于排风量大造成新风量大，故新风处理所需冷量消耗大；送风量大，输送动力消耗大，风机管道温升高；生产设备的发热量大，消耗冷量大。这三项负荷之和一般占总负荷的70%~95%。因此，净化空调系统节能措施应从减少新风量（减少排风量）；控制送风量（合理确定换气次数）；充分利用回风量；选择低阻力率的空调和净化设备和可变风量的风机等入手。