建筑布局和装修方案：是洁净实验室-生物实验室运行的基础。由于微生物病菌的危险性，必须防止危险性微生物向外界扩散，地阻断危险性微生物与外部环境的接触途径，同时避免微生物受外界污染，影响实验结果的准确性，必须采取合理的实验室布局和装修方案。实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
培训方案：由于洁净实验室-生物实验室中的实验人员通常都是医学专家，对于实验室整个系统原理不一定十分了解，通过培训方案，让所有实验室工作人员了解整个系统的特点，掌握其运行规律，可以及时发现隐患，并及时做出相应的应急处置，控制住事态的进一步恶化，对减轻后续维修工作的难度是有很大帮助的。
排风和通风系统
除了空气过滤和处理外，排风和通风系统也是无菌洁净实验室必备的一部分。它们确保了实验室内的新鲜空气、适当湿度和温度，并将不相关的空气和污染物排出到室外。通常，实验室设计者需要根据实验室的大小和使用情况，确保适当的空气流速和换气率。
为使物料流快速、顺畅地流通，无菌洁净实验室的设计必须符合合理路径设计。路径设计应该考虑到人员的流动方便，同时确保物料不需经过“干净”和“脏”区域。
重点控制点
在无菌洁净实验室内，需要指定特定的重点控制点，确保实验物料和人员没有潜在的污染源。这些重点控制点包括，设备接口、设备运转、洗手间、实验室物品搬运等。