医院目前有沈河、和平、北陵3个院区和4个派驻门诊部。沈河院区主要承载师以上首长救治、学术交流、战救及临床技能培训任务，是全院各院区医疗救治的总依托。和平院区主要承载科研教学、卫勤战备、专科患者救治，是军事医学研发、军地两用人才培训的重要平台。北陵院区主要开设康复医学科，负责伤病员术后康复任务。派驻门诊部主要承担战区机关、各军兵种、省军区等服务保障任务。各点位相对独立，又交叉融合，功能互补，形成了资源整合、功能耦合、发展聚合的部署格局。
作为“全国健康咨询及就医指导平台”的官方网站，挂号网通过号源托管、HIS直连、搜索链接三种方式聚合了全国超过400家重点三级医院的预约挂号资源，建立了全国三级医院22万名医生的专长库，帮助全国用户“找对医生挂到号”。
“全国健康咨询及就医指导平台”启动两年来，已成功为全国超过1200万用户提供了预约挂号、就医指导、健康咨询服务，成为了全国规模的医疗健康服务平台。
2018年7月1日，黑龙江省卫生计生委发出通知，要求全省各级医疗机构均实行实名制挂号就诊。
患者就医时，须持本人有效身份证件（包括二代居民身份证、户口簿、社会保障卡、护照、军官证等）进行挂号就诊，同时提供本人手机号码等有效联系方式；对未携带有效身份证件的患者，医疗机构须登记其姓名、身份证号、联系方式、家庭住址等信息，首次允许挂普通号进行就诊，并做好宣传工作。再次就诊时则需要提供有效身份证件及联系方式。对急诊和危重患者，医疗机构应先行诊疗救治，待病情稳定后，再核实其身份信息。
网上挂号根据卫生部颁布的《关于在公立医院施行预约诊疗服务工作的意见》。网络挂号是公立医院以病人为中心开展医疗服务的重要改革措施，对于方便群众就医、提高医疗服务水平具有重大意义。在公立医院率先施行预约诊疗服务工作，有利于患者进行就医咨询，提前安排就医计划，减少候诊时间，也有利于医院提升管理水平，提高工作效率和医疗质量，降低医疗风险。积极推进预约诊疗服务工作是贯彻落实科学发展观，深化医药卫生体制改革，加强医院科学管理的重要举措，是坚持以病人为中心，构建和谐医患关系的内在要求。各级卫生行政部门和各级各类公立医院要进一步提高对做好预约诊疗服务工作的认识，把这项工作精心组织实施好。2009年10月开始，所有三级医院都要开展预约挂号诊疗服务。二级医院也要逐步开展这项工作。