认证申请组织其申请书需请军方用户签署推荐意见并盖章，同时填写《产品所在阶段情况调查表》。如该申请组织是部队，可由上级主管部门签字、盖章。对于民营企业申请军品时，需有军代表的推荐函/意见书，其内容至少包括：人员状况；技术、设备情况；产品质量状况；对配套企业，要注明产品与装备的关系(用在什么地方)；说明生产的产品与军方推荐单位的关系。
认证审核前按GJB9001A－2001标准建立管理体系，并运行3个月以上时间。有军品订货及交付发生，且现场审核时应有军品生产。现场审核时由上述军代表和我中心审核组进行沟通座谈并形成《军代表对受审核方质量体系有效性评价意见》，该评价意见随审核材料报军认委审批。
保密制度完善；
保密组织健全，有专门机构或者人员负责保密工作；
用于涉密信息系统集成业务的场所、设施、设备符合国家保密规定和标准；
从事涉密信息系统集成业务人员的审查、考核手续完备；
国家保密行政管理部门规定的其他条件。
军工保密资质一共分为三级，其中军工三级保密资质相比较军工一级，二级保密资质来说申请是相对简单一点。军工一级保密资质单位可以承担绝密级、机密级、秘密级科研生产任务；军工二级保密资质单位可以承担机密级、秘密级科研生产任务；军工三级保密资质单位可以承担秘密级科研生产任务”。